在我国农村，随着资源流转的不断加快，权利的冲突问题日益增多。具体到土地承包经营权而言，由于农民在行使承包经营权时，可能会影响到发包人的权利，所以，农业部根据农村土地承包法，制定了农村土地承包经营权流转管理办法，并将于2005年3月1日起实施。

根据规定，农村土地承包经营权流转应当在坚持农户家庭承包经营制度和稳定农村土地承包关系的基础上，遵循平等协商、依法、自愿、有偿原则。办法明确规定，农村土地承包权流转不得改变承包土地的农业用途，流转期限不得超过承包期的剩余期限，不得损害利害关系人和农村集体经济组织的合法权益。

可以说，农业部的规定解决了农民行使土地承包经营权，进行土地流转时可能面临的诸多问题。譬如，当农民转包或者互换土地时，如果发包人为不同的集体经济组织，必然面临着转包或者互换合同的效力问题。一般来说，未征得合同当事人一方同意，另一方当事人不得转让、转包、互换。农业部将农民行使土地承包经营权的范围限定在同一集体经济组织内部，解决了因为土地承包经营权流转而产生的法律障碍。为农民行使土地承包经营权解决了现实问题。

然而必须指出，这种通过限制农民土地承包经营权流转范围来化解矛盾的做法，可能会最终损害农民的利益。首先，将土地的流转限定在农业用途，固然可以有效地保护农业用地，但是，在农业作为弱势产业，投入产出比与其他产业相比缺乏优势的情况下，可能不利于大规模提高农民的收入。

其次，农村土地承包法中所规定 “入股”的权利，农业部严格限定为，“实行家庭承包方式的承包方之间为发展农业经济，将土地承包经营权作为股权，自愿联合从事农业合作生产经营”的权利，或者“其他承包方式的承包方将土地承包经营权量化为股权，入股组成股份公司或者合作社等，从事农业生产经营”的权利。换句话说，不论是公司化经营，还是合作化经营，土地承包权作价入股，只能从农业生产经营中受益。这和许多经济学家所倡导的农村股份制有很大的出入。坦率地说，由于只能从事农业生产经营，所以，无论农民采取何种组织形式，其最终收益都不会很高。曾经有一些从事农业生产经营的企业为了提高边际收益，在农业生产用地上从事房地产开发，或者以所谓的观光农业为幌子，建立大量的娱乐设施，提高单位土地面积的收益。农业部显然是看到了问题的严重性，所以，将入股经营严格限制在农业生产经营方面。这样一来，除了在一定范围内能够提高农业的机械化作业水平之外，对农民增收并没有太大的帮助。

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